Nova eina Web als investigadors explorar com el genoma canvis en càncer

5 07 2012

Al Memorial Sloan-Kettering científics han posat en marxa una nova eina basada en web per facilitar informació de projectes de seqüenciació genòmica a gran escala per a investigadors navegar i descobrir.

L'eina públicament accessible — anomenat la Portal de la genòmica de càncer cBio — biòlegs càncer es faculta i metges traduir dades complexes reunits sobre alteracions de gens en noves perspectives de càncer i aplicacions clíniques, els inventors d'escriure en un Informe publicat el maig número de la revista Descobriment del càncer.

 

Gynecologic oncologist Douglas Levine (left) and postdoctoral research fellow Petar Jelinic are using the new web tool to explore genetic changes that occur in ovarian cancer.

Ginecològiques oncòleg Douglas Levine (esquerra) i investigador postdoctoral Petar Jelinic està utilitzant la nova eina web per explorar els canvis genètics que ocorren en el càncer d'ovari.

"Ara els científics ràpidament pot extreure la llesca particular de la informació que necessiten de bases de dades del genoma sense haver de lidiar amb el gruix de dades que no és rellevants per a la seva investigació,"explica el biòleg computacional Nikolaus Schultz, qui va dirigir el desenvolupament de la cBio Portal de la genòmica de càncer amb coautor Ethan Cerami. A més a més, el recurs facilita l'anàlisi de diferents tipus de dades i presenta els resultats en gràfiques resums.

"Essencialment, vostè pot convertir fulls de càlcul amb milions de números en diagrames que revelen el que passa amb gens de càncer, sense haver de ser un expert en anàlisi del genoma,"Dr.. Afegeix Schultz.

Sobrecàrrega d'informació

Els investigadors en el camp han col·laborat a nivell nacional i mundial en els darrers anys a catalogar la miríada canvis genètics que ocorren en els tumors. Per exemple, L'Atles del genoma del càncer (TCGA) — un projecte de seqüenciació genòmica impulsat per l'Institut Nacional del càncer i el Nacional humana genoma Research Institute en 2006 — és acumulació d'informació genòmica i clínic dels pacients amb més de 20 tipus de càncer.

Un objectiu d'aquest tipus de col·laboracions és accelerat la comprensió dels mecanismes bàsics de càncer — per exemple, per determinar com certes alteracions del genoma pot iniciar la formació de tumors, canviar el comportament dels tumors després que han format, o afectar la seva resposta a la teràpia. Aquest coneixement en última instància, podria donar lloc a millors mètodes per diagnosticar i controlar els càncers, o prevenir la malaltia d'ocórrer en primer lloc.

Però segons Chris Sander, Cadira de l'Institut Sloan-Kettering Programa de Biologia Computacional i un dels autors de l'informe, la velocitat del progrés ara està limitada per la complexa tasca de traduir dades moleculars massives a les estadístiques que en última instància, podria beneficiar els pacients.

"La quantitat d'informació detallada de milers de mostres tumorals emmagatzemades en bases de dades públiques del genoma és immensa i continua creixent ràpidament, com a resultat dels esforços nacionals i internacionals,"Dr.. Polidora explica. Quan hagi completat, L'Atles del genoma del càncer es tenen assignats els genomes de més de 20,000 tumors, amb diversos tipus de canvis genètics documentat per cada Mostra..

"La comunitat d'investigadors del càncer és ara afrontar el repte de traduir l'Atles a idees útils sobre els gens i processos fisiològics que es reconfiguren quan en càncer, i com que aquests canvis poden afectar el resultat de la malaltia,"Dr.. Afegeix polidora.

Salvant un buit de coneixement

La relació entre els gens i càncer és inherentment complicat. Per exemple, la funció d'un gen pot ser afectat per alteracions de la seqüència d'ADN, així com per canvis epigenètics, que deixa el codi genètic sense canvis mentre el modifica de l'activitat de gens. El càncer és sovint el resultat d'una complexa barreja de canvis genètics i epigenètics que es produeixen en molts gens amb el temps.

Fins a la data, nou recurs enllaça investigadors amb cinc tipus de canvis que afecta a milers de gens de càncer associat, que han estat elaborades a 17 malalties. Les dades s'ha generat per TCGA i els dos projectes independents Memorial Sloan-Kettering, que proporcionen les primeres anàlisis exhaustiva de canvis de gen en càncer de pròstata i Kaposi. Informació generada en altres projectes, incloent-hi aquells coordinat pel Consorci Internacional del genoma del càncer — aviat estarà inclòs.

"La nostra eina va ser dissenyada per omplir un buit de coneixement entre computacionals i sistemes biòlegs d'una banda, i investigadors del càncer i d'altra banda experts en malalties,"diu el Dr.. Polidora. "La resposta de la comunitat científica ha estat molt entusiasta".

"És molt profitós saber que més i més persones estan utilitzant el nostre recurs,«Afegeix Dr.. Schultz, "i sentir que és ajudar-los a captar l'essència del que passa amb el genoma en càncer".

Aquesta investigació va ser recolzat per l'Institut Nacional del càncer els instituts nacionals de salut números Premi Institut-U24CA143840 i l'Institut Nacional del càncer-R21CA135870.

 

Mskcc.org [en línia] NY (EUA): mskcc.org, 05 el juliol de 2012 [Ref. 21 al juny de 2012] Disponible en la Internet: http://www.MSKCC.org/News/announcement/New-web-Tool-HELPS-Researchers-Explore-how-Genome-changes