Nouvel outil Web aide les chercheurs à explorer comment le génome change en Cancer

5 07 2012

Scientifiques au Memorial Sloan-Kettering ont lancé un nouvel outil web pour faciliter l'information des grands projets de séquençage du génome pour les chercheurs naviguer et explorer.

L'outil accessible au public — appelé le DRAS portail de génomique du Cancer — habilite la biologie du cancer et cliniciens à traduire des données complexes recueillies au sujet des altérations du gène dans les nouvelles perspectives du cancer et des applications cliniques, les inventeurs écrivent un le rapport publié en mai numéro du journal Découverte du cancer.

 

Gynecologic oncologist Douglas Levine (left) and postdoctoral research fellow Petar Jelinic are using the new web tool to explore genetic changes that occur in ovarian cancer.

Gynéco-oncologue Douglas Levine (gauche) et chercheur postdoctoral Petar Jelinic utilisez le nouvel outil web pour découvrir les changements génétiques qui se produisent dans le cancer de l'ovaire.

"Maintenant scientifiques peuvent extraire rapidement la tranche particulière de l'information que dont ils ont besoin de bases de données de génome sans avoir à traiter avec la plus grande partie des données qui n'est pas pertinentes à la recherche,« explique computational biologiste Nikolaus Schultz, qui a dirigé l'élaboration de la DRAS portail de génomique du Cancer ainsi que co-auteur Ethan Cerami. De plus,, la ressource facilite l'analyse des différents types de données et présente les résultats sommaires graphiques.

« Essentiellement, vous pouvez transformer des feuilles de calcul avec des millions de numéros en diagrammes qui révèlent ce qui se passe à des gènes dans le cancer — sans avoir à être un expert en analyse du génome,« Dr. Schultz ajoute.

Surcharge d'information

Les enquêteurs sur le terrain ont collaboré à l'échelle nationale et dans le monde ces dernières années pour cataloguer les innombrables changements génétiques qui se produisent dans les tumeurs. Par exemple, L'Atlas du génome du Cancer (TCGA) — un projet de séquençage du génome, lancé par le National Cancer Institute et le National Human Genome Research Institute en 2006 — est amasser des informations génomiques et cliniques des patients avec plus de 20 types de cancer.

Un de ces types de collaborations vise à accélérer la compréhension des mécanismes fondamentaux du cancer — par exemple, en déterminant comment certaines altérations du génome peuvent initier la formation de tumeurs, modifier le comportement des tumeurs après que qu'elles ont formées, ou affecter leur réponse au traitement. Ces connaissances pourraient entraîner de meilleures méthodes pour diagnostiquer et maîtriser les cancers, ou empêcher la maladie de se produire en premier lieu.

Mais selon Chris Sander, Président de l'Institut Sloan-Kettering Programme de biologie computationnelle et l'un des auteurs du rapport, la vitesse d'avancement est maintenant limitée par la tâche complexe de traduire les données moléculaires massifs en idées qui pourraient finalement bénéfique pour les patients.

"La quantité d'informations détaillées depuis des milliers d'échantillons de tumeur stockées dans les bases de données public génome est écrasante et continue de croître rapidement comme le résultat des efforts nationaux et internationaux,« Dr. Ponceuse explique. Une fois rempli, L'Atlas du génome du Cancer sera ont cartographié les génomes de plus de 20,000 tumeurs, avec divers types de modifications génétiques documentées pour chaque échantillon.

"La communauté des chercheurs sur le cancer est maintenant s'attaquer au défi de traduire l'atlas en des indications utiles sur les gènes et les processus physiologiques qui sont refaites dans le cancer, et la façon dont ces changements pouvant affecter le résultat de la maladie,« Dr. Ajoute de la ponceuse.

Combler un déficit de connaissances

La relation entre gènes et le cancer est intrinsèquement complexe. Par exemple, la fonction d'un gène peut être affectée par des modifications de la séquence d'ADN, ainsi que par les changements épigénétiques, qui laissent le code génétique inchangé tout en modifiant l'activité des gènes. Le cancer est souvent le résultat d'un mélange complexe de changements génétiques et épigénétiques dans plusieurs gènes au fil du temps.

À ce jour, la nouvelle ressource fournit aux chercheurs un accès facile aux cinq types de changements qui affectent des milliers de gènes liés au cancer, qui a été élaboré en 17 maladies. Les données a été générées par TCGA et deux projets indépendants du Memorial Sloan-Kettering, qui a fourni les premières analyses complètes des variations du gène de cancer de la prostate et sarcome. Informations générées dans des projets supplémentaires, y compris ceux coordonnés par le Consortium International de génomique du Cancer — sera bientôt inclus.

« Notre outil a été conçu pour combler une lacune entre calcul et biologistes des systèmes d'une part, et des chercheurs sur le cancer et des experts des maladies d'autre part,« dit le Dr. Ponceuse. « Les commentaires de la communauté scientifique a été très enthousiaste. »

« C'est incroyablement gratifiant de savoir que plus de gens utilisent nos ressources,« Ajoute le Dr. Schultz, « et d'entendre qu'il les aide à capturer l'essence de ce qui se passe avec le génome dans le cancer. »

Cette recherche a été financée par le National Cancer Institute, les National Institutes of Health, sous les numéros prix NCI-U24CA143840 et INFE-R21CA135870.

 

Mskcc.org [en línea] NY (USA): mskcc.org, 05 en juillet de 2012 [Réf. 21 en juin de 2012] Disponible sur Internet: http://www.MSKCC.org/news/Announcement/New-Web-Tool-helps-Researchers-explore-how-Genome-changes